海洋所發(fā)表小眼綠鰭魚高質(zhì)量染色體水平參考基因組
近日,中國科學(xué)院海洋研究所在海洋魚類基因組學(xué)研究方面取得新進展,發(fā)布了長江口重要洄游性魚類——小眼綠鰭魚的高質(zhì)量染色體水平參考基因組,相關(guān)研究成果發(fā)表在Nature旗下的數(shù)據(jù)集期刊Scientific Data (Q1,5-IF = 10.8)。
小眼綠鰭魚標本照
小眼綠鰭魚(Chelidonichthys spinosus),俗稱綠鰭魚,隸屬于鲉形目,魴鮄科。主要分布在黃海、東海、南海以及韓國和日本的沿海海域,屬于典型的洄游性魚類,秋末冬初向外海進行越冬洄游,春季向近岸進行產(chǎn)卵洄游。因其獨特的形態(tài)特征而備受關(guān)注,它擁有雪白的腹部和紅褐色的身體,鰓下有一對色彩斑斕、閃爍著綠色熒光的“蝴蝶翅膀”,其下有三對類似芭蕾舞者的“足”,這實際上是六個獨立的胸鰭,它們非常靈活,并含有助于覓食的“味蕾”。這些獨特的形態(tài)特征與其生態(tài)習(xí)性密切相關(guān)。
為探究小眼綠鰭魚特殊形態(tài)特征和生態(tài)適應(yīng)的進化機制,研究團隊通過Illumina 短讀序、PacBio長讀序以及Hi-C技術(shù)對其基因組進行了深度測序,并得到了高質(zhì)量的染色體水平參考基因組。研究結(jié)果表明小眼綠鰭魚的基因組大小約為624.7Mb,contig N50的長度約為13.77Mb,scaffold N50的長度約為28.11Mb。初始組裝的序列中有99.29%成功錨定到24條染色體上,基因組中包含35.96%的重復(fù)序列和8,235個非編碼RNA。預(yù)測到總共25,358個蛋白編碼基因,其中24,072個基因(94.93%)具有功能注釋。共線性分析顯示小眼綠鰭魚與圓鰭魚(Cyclopterus lumpus)存在顯著的共線性,這表明兩者之間可能存在非常密切的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。

小眼綠鰭魚的基因組特征 (a) Hi-C組裝染色體交互熱圖;(b) 基因組Circos圖

小眼綠鰭魚基因組中基因元素的組成與其它物種的比較
(a) 編碼長度分布的比較;(b) 基因長度分布的比較;(c) 內(nèi)含子長度分布的比較;(d) 外顯子長度分布的比較
這些組裝的基因組序列可以為揭示小眼綠鰭魚的遺傳適應(yīng)性和潛在的分子基礎(chǔ)提供寶貴的信息,進而用于建立更有效的管理和保護策略。此外,這些基因組數(shù)據(jù)還可以用于未來的比較基因組學(xué)和系統(tǒng)發(fā)育學(xué)研究,從而揭示鲉形目和其它硬骨類魚類及脊椎動物的基因組演化和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。
論文第一作者為中國科學(xué)院海洋研究所博士研究生王一邦,通訊作者為張輝研究員和線薇薇研究員,作者還有日本東京大學(xué)巖崎涉教授。本研究得到了國家重點研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金、中國科學(xué)院青年創(chuàng)新促進會等項目支持。
文章信息:
Wang, Y., Zhang, H., Xian, W. Iwasaki W. Chromosome genome assembly and annotation of the spiny red gurnard (Chelidonichthys spinosus). Scientific Data, 10, 443 (2023). https://doi.org/10.1038/s41597-023-02357-y.
附件下載:
魯公網(wǎng)安備37020202001323號 | 古鎮(zhèn)口園區(qū)地址:青島市西海岸新區(qū)海軍路88號 南海路園區(qū)地址:青島市市南區(qū)南海路7號 科考船碼頭基地:青島市西海岸新區(qū)長江東路8號 |
郵編:266000 郵件:iocas@qdio.ac.cn 電話:0532-82898611 傳真:0532-82898612 |
