海洋所發(fā)表脈紅螺高質(zhì)量染色體水平參考基因組
近日,中國科學(xué)院海洋研究所在貝類基因組學(xué)研究方面取得新進(jìn)展,發(fā)布了我國重要經(jīng)濟(jì)貝類——脈紅螺的高質(zhì)量染色體水平參考基因組,相關(guān)研究成果發(fā)表在國際數(shù)據(jù)集期刊Scientific Data(Q1,IF=9.8)。
脈紅螺俗稱“海螺”,在我國渤海、黃海和東海均有分布,是我國北方海洋牧場(chǎng)實(shí)現(xiàn)資源自我恢復(fù)的典型代表,已成為北方海洋牧場(chǎng)的重要經(jīng)濟(jì)物種。目前,我國脈紅螺的供應(yīng)絕大部分依賴采捕野生資源,但由于近年來脈紅螺價(jià)格不斷提高,采捕強(qiáng)度越來越大,野生資源存在衰退風(fēng)險(xiǎn)。從上世紀(jì)90年代開始,我國開始嘗試進(jìn)行脈紅螺人工育苗,但出苗效率極低,遠(yuǎn)未實(shí)現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化規(guī)模,嚴(yán)重影響了脈紅螺增養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展。
中國科學(xué)院海洋研究所經(jīng)過多年技術(shù)攻關(guān),解決了親螺性腺促熟、幼蟲高效穩(wěn)定培育、高效采苗和苗種規(guī)?;咝е虚g培育等關(guān)鍵技術(shù),建立了比較完善的脈紅螺規(guī)?;咝绶N繁育技術(shù),初步實(shí)現(xiàn)了脈紅螺苗種規(guī)?;咝囵B(yǎng)和產(chǎn)業(yè)化。
此次,團(tuán)隊(duì)通過Illumina短讀序、PacBio長(zhǎng)讀序以及Hi-C技術(shù)對(duì)脈紅螺基因組進(jìn)行了深度測(cè)序,得到了高質(zhì)量的染色體水平參考基因組。該基因組具有較高的雜合度(1.41%)和重復(fù)序列比例(57.72%),是較為復(fù)雜的水生動(dòng)物基因組之一。組裝完成的基因組大小為2.30Gb,scaffold N50長(zhǎng)度為64.63Mb,包含35條染色體,編碼29,649條蛋白序列。該基因組的發(fā)布將有助于脈紅螺性狀解析和良種選育工作,為產(chǎn)業(yè)發(fā)展提供重要支撐。
脈紅螺染色體水平基因組(自Song et al., Scientific Data, 2023)
中國科學(xué)院海洋研究所副研究員宋浩、碩士生李卓卿、博士后楊美潔、博士生石璞為論文的第一作者,張濤研究員為論文通訊作者。本研究得到了國家自然科學(xué)基金、國家貝類產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系、中國科協(xié)青年托舉人才工程、中國科學(xué)院青年創(chuàng)新促進(jìn)會(huì)等項(xiàng)目資助。
【論文鏈接】Hao Song#, Zhuoqing Li#, Meijie Yang#, Pu Shi#, Zhenglin Yu, Zhi Hu, Cong Zhou, Pengpeng Hu & Tao Zhang*, 2023. Chromosome-level genome assembly of the caenogastropod snail Rapana venosa. Scientific Data, 10: 539. DOI: https://doi.org/10.1038/s41597-023-02459-7.
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