【科技日報(bào)】銀鯧高質(zhì)量染色體水平參考基因組發(fā)布

【新知】
科技日報(bào)訊 (記者宋迎迎 通訊員王敏)3月19日,記者從中國科學(xué)院海洋研究所了解到,該所研究團(tuán)隊(duì)在國際上首次發(fā)布了銀鯧的高質(zhì)量染色體水平參考基因組。相關(guān)研究論文近日在線發(fā)表于《自然》子刊《科學(xué)數(shù)據(jù)》。
銀鯧廣泛分布于西北太平洋近岸海域,肉質(zhì)細(xì)膩,油脂豐富,是我國重要的經(jīng)濟(jì)魚類。近年來,由于過度捕撈,野生銀鯧資源急劇衰退。我國銀鯧人工繁育與養(yǎng)殖技術(shù)雖取得突破性進(jìn)展,但銀鯧對環(huán)境變化極為敏感,在運(yùn)輸和養(yǎng)殖過程中容易發(fā)生應(yīng)激死亡,這大大制約了銀鯧養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。
在前期研究的基礎(chǔ)上,中國科學(xué)院海洋研究所劉靜研究團(tuán)隊(duì)綜合采用二代、三代高通量測序技術(shù)以及染色體構(gòu)象捕獲技術(shù),對銀鯧基因組進(jìn)行了深度測序和組裝,在國際上首次獲得了銀鯧的高質(zhì)量染色體水平參考基因組,得到銀鯧24條染色體單體序列。研究精確揭示了銀鯧基因組大小為5.1806億個(gè)堿基,指示基因完整度的兩個(gè)指標(biāo)——Contig N50和Scaffold N50長度均達(dá)兩千萬堿基級別,這表明該基因組完整度極高,達(dá)到染色體級別。最終,研究人員獲得了24696個(gè)蛋白編碼基因,通用單拷貝直系同源基因基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集的評估值高達(dá)98.90%。
該研究成果為深入解析銀鯧食道側(cè)囊和腹鰭缺失性狀演化、種質(zhì)遺傳資源評估、抗逆品種選育及銀鯧漁業(yè)資源可持續(xù)利用等研究提供了高質(zhì)量參考基因組基礎(chǔ)。
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